2002年新晋升的国家级自然保护区9处，分别是：内蒙古额济纳胡杨林国家级自然保护区、红花尔基樟子松林国家级自然保护区，吉林鸭绿江上游国家级自然保护区，广西猫儿山国家级自然保护区，海南铜鼓岭国家级自然保护区，云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区，西藏芒康滇金丝猴国家级自然保护区，新疆托木尔峰国家级自然保护区，青海三江源国家级自然保护区。
　　
　　2003年新晋升的国家级自然保护区29处，分别是：河北省衡水湖国家级自然保护区、大海坨国家级自然保护区，内蒙古自治区黑里河国家级自然保护区，吉林省龙湾国家级自然保护区，黑龙江省南瓮河国家级自然保护区、八岔岛国宝级自然保护区，浙江省九龙山国家级自然保护区，福建省梁野山国家组自然保护区、天宝岩国家级自然保护区、漳江口红树林国家级自然保护区，江西省九连山国家级自然保护区，河南省南阳恐龙蛋化石群国家级自然保护区、黄河湿地国家级自然保护区，湖北省星斗山国家级自然保护区，广东省珠江口中华白海豚国家级自然保护区，广西壮族自治区十万大山国家级自然保护区，海南省五指山国家级自然保护区，重庆市大巴山国家级自然保护区，四川省察青松多白唇鹿国家级自然保护区、长宁竹海国家级自然保护区、画稿溪国家级自然保护区，贵州省麻阳河国家级自然保护区，云南省黄连山国家级自然保护区、文山国家级自然保护区，西藏自治区色林错国家级自然保护区、雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区，甘肃省莲花山国家级自然保护区、敦煌西湖国家级自然保护区，新疆维吾尔自治区罗布泊野骆驼国家级自然保护区。
　　
　　2004年新建的17处国家级自然保护区：柳江盆地地质遗迹国家级自然保护区、阿鲁科尔沁国家级自然保护区、哈腾套海国家级自然保护区、大布苏国家级自然保护区、珲春东北虎国家级自然保护区、九段沙国家级自然保护区、崇明东滩鸟类国家级自然保护区、长兴地质遗迹国家级自然保护区、戴云山国家级自然保护区、连康山国家级自然保护区、黄桑国家级自然保护区、药山国家级自然保护区、拉鲁湿地国家级自然保护区、类乌齐马鹿国家级自然保护区、汉中朱鹮国家级自然保护区、太统——崆峒山国家级自然保护区、连城国家级自然保护区。
　　
　　2005年新建的22处国家级自然保护区：山西五鹿山国家级自然保护区、内蒙古额尔古纳国家级自然保护区、辽宁努鲁儿虎山国家级自然保护区、黑龙江凤凰山国家级自然保护区、江苏泗洪洪泽湖湿地国家级自然保护区、安徽铜陵淡水豚国家级自然保护区、福建闽江源国家级自然保护区、山东滨州贝壳堤岛与湿地国家级自然保护区、河南小秦岭国家级自然保护区、湖南乌云界国家级自然保护区、湖南鹰嘴界国家级自然保护区、广西千家洞国家级自然保护区、四川米仓山国家级自然保护区、四川雪宝顶国家级自然保护区、云南会泽黑颈鹤国家级自然保护区、云南永德大雪山国家级自然保护区、陕西子午岭国家级自然保护区、甘肃小陇山国家级自然保护区、甘肃盐池湾国家级自然保护区、甘肃安南坝野骆驼国家级自然保护区、宁夏哈巴湖国家级自然保护区、新疆塔里木胡杨国家级自然保护区。
　　
　　2006年新建的19处国家级自然保护区：河北塞罕坝国家级自然保护区、内蒙古鄂托克恐龙遗迹化石国家级自然保护区、辽宁海棠山国家级自然保护区、吉林查干湖国家级自然保护区、吉林雁鸣湖国家级自然保护区、黑龙江乌伊岭国家级自然保护区、黑龙江胜山国家级自然保护区、江西官山国家级自然保护区、山东荣成大天鹅国家级自然保护区、河南丹江湿地国家级自然保护区、湖北九宫山国家级自然保护区、湖南南岳衡山国家级自然保护区、广西岑王老山国家级自然保护区、广西九万山国家级自然保护区、广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区、四川花萼山国家级自然保护区、贵州宽阔水国家级自然保护区、陕西化龙山国家级自然保护区、新疆艾比湖湿地国家级自然保护区。